Loro chi?

Dopo essere riuscito ad allontanarsi dal Labirinto insieme ai suoi compagni, Thomas (Dylan O’Brien) ha dei terribili flashback che portano a galla la verità sul rapimento da parte del W.C.K.D. Il ragazzo e i suoi amici sono accolti dal signor Janson (Aiden Gillen) in una struttura sicura, dove possono finalmente ricevere l’assistenza necessaria. Sebbene l’atmosfera del rifugio sia positiva e distesa, Thomas non riesce a rilassarsi e decide di indagare con il nuovo amico Aris (Jacob Lofland). I due scoprono che Janson e la perfida Ava Paige (Patricia Clarkson) sono in combutta e che la struttura non è altro che un enorme laboratorio, nel quale i ragazzi sopravvissuti vengono sottoposti ad atroci esperimenti. A seguito della sconcertante scoperta, Thomas e i suoi amici decidono di fuggire nuovamente. All’esterno, tuttavia, saranno costretti a confrontarsi con un’orda di infetti e con il clima impervio e desertico della Zona Bruciata. Fortunatamente, il gruppo viene soccorso da Brenda (Rosa Salazar) e Jorge (Giancarlo Esposito), leader di un manipolo di sopravvissuti che si oppone al W.C.K.D., cercando l’appoggio della misteriosa organizzazione segreta ‘Braccio Destro’.